Classe 1974, bolognese dorigine, risiede a Trento, Francesco Agnoli è sposato e ha due figli.
Docente di liceo, collabora con Il Foglio di Giuliano Ferrara per il quale cura la seguitissima rubrica Controriforme su temi della Chiesa, Avvenire, Il Timone, Radici Cristiane e Radio Maria.
È autore di diverse pubblicazioni, tra le quali ricordiamo Scienziati, dunque credenti, Spallanzani e Mendel: alle origini di biologia e genetica e La grande storia della carità per le edizioni Cantagalli; Case di Dio e ospedali degli uomini. Perché, come e dove sono nati gli ospedali, edizioni Fede & Cultura.
Francesco Agnoli ha in uscita il libro Scienziati in tonaca per leditore Lindau.